A psicologia animal rapidamente tornou-se alvo dos ativistas de defesa dos animais. Protestos irrompiam contra o uso da vivissecção e de outras técnicas cirúrgicas para a coleta de dados de pesquisa, mesmo antes do desenvolvimento da psicologia animal como uma especialização separada da psicologia. As críticas iniciais eram direcionadas aos departamentos de fisiologia e biologia das principais universidades e escolas de medicina.
O movimento de proteção aos animais teve início formalmente na Inglaterra, com a fundação da Society for the Prevention of Cruelty to Animals - SPCA (Sociedade de Prevenção da Crueldade Contra os Animais) em 1824. Uma organização semelhanta foi fundada nos Estados Unidos em 1886, a American Society for the Prevention of Cruelty to Animals - ASPCA (Sociedade Americana de Prevanção da Crueldade Contra os Animais). O crescente número de pesquisas realizadas, tanto para fins psicológicos como para fins médicos, serviu para aumentar o contingente de defensores dos direitos dos animais.
Darwin foi alvo de acusações e contra-acusações realcionadas à crueldade com os animais. Embora se declarasse amante deles e contribuísse financeiramente com a SPCA, ele defendia a vivissecção como uma técnica científica. Alegava que a proibição do uso de animais nas pesquisas impediria o conhecimento do funcionamento fisiológico. Romanes e Thomas Henry Huxley apoiavam a posição de Darwin.
William James aderiu à discussão, descrevendo a vivissecção como uma "tarefa dolorosa" mas essencial para o progresso da ciência. Entretanto criticou algumas experiências médicas com animais chamando-as de "excessos revoltantes"(apd Dewsbury 1990,p. 318). Pavlov, conhecido pela humanidade no tratamento dos seus cães de laboratório, acreditava ser inevitável o uso da vivissecção e de outros métodos cirúrgicos na pesquisa científica, porque às vezes eram as únicas de estudar o funcionamento fisiológico. Foi veentemente condenado pelos ativistas defensores dos animais por causa dessa visão.
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